Для большинства менеджеров загрузки и программ архивирования у Вас есть возможность проверять файлы или командную строку вирусным сканером. Для этого Вы можете использовать графический интерфейс Luke Filewalker антивирусной программы, который может настраиваться с помощью следующих параметров.

Написание с большой или малой буквы не имеет значения, каталоги должны указываться в двойных кавычках.

/CFG=”…” путь к файлу профиля для поиска
/PATH=”..:” Путь проверяемого каталога или файла

Примеры:
"C:\Программы\Avira\AntiVir Desktop\avscan.exe" /CFG=”C:\Программы\Avira\AntiVir Desktop\scan.avp”
"C:\Программы\Avira\AntiVir Desktop\avscan.exe" /PATH=”%WINDIR%
"C:\Программы\Avira\AntiVir Desktop\avscan.exe" /PATH=”C:\Downloads\”
"C:\Программы\Avira\AntiVir Desktop\avscan.exe" /PATH=”C:\Downloads\%1”

Антивирусный сканер использует настройки, установленные в программе AntiVir - Конфигурация - Сканер.

Если Вы установили проверку главных секторов загрузки, это будет проверяться при каждом запуске файла avscan.exe.

Если Вы не хотите использовать эти настройки, так как проверка длится из-за этого дольше, имеется возможность обхода: сканирование только выбранного файла.

1. Загрузите профиль filescan.avp по следующей ссылке нажатием правой кнопки мышки и выбором Сохранить файл как: Профиль
2. Сначала сохраните файл на жесткий диск, затем нажмите на него правой кнопкой мышки и выберите Свойства. Установите галочку в области Свойства у пункта Защита от записи и затем нажмите OK.
3. Используйте только этот профиль в параметре /CFG. Для использования AntiVir, например, с WinRAR Вам необходимо использовать следующие параметры:
   
   Название сканера:
   "%PROGRAMFILES%\Avira\AntiVir Desktop\avscan.exe"
   Параметры сканера:
   /CFG="C:\filescan.avp" /PATH=%f

Альтернативно Вы можете использовать сканер командной строки Avira AntiVir AVCLS с возможностью подробных настроек. Этот сканер вы можете загрузить на сайте Avira в разделе Поддержка → Загрузки. Соблюдайте указания по установке и параметры в полученном при загрузке текстовом файле.