Muitos gerenciadores de download e programas de backup permitem verificar arquivos com um scanner de vírus usando a linha de comando. Desse modo, você pode usar a Luke Filewalker, a interface de usuário gráfica do software AntiVir, e configurá-la com os seguintes parâmetros:
(a sintaxe não diferencia maiúsculas de minúsculas, mas os caminhos devem ser inseridos entre aspas)
/CFG="<caminho para o arquivo de perfil de verificação>"
/PATH="<caminho até a pasta ou o arquivo a ser verificado>"

Exemplos:
"C:\Arquivos de programas\Avira\AntiVir Desktop\avscan.exe"  /CFG="C:\Arquivos de programas\Avira\AntiVir ...\scan.avp"
"C:\Arquivos de programas\Avira\AntiVir Desktop\avscan.exe"  /PATH="%WINDIR%"
"C:\Arquivos de programas\Avira\AntiVir Desktop\avscan.exe"  /PATH="C:\Downloads\"
"C:\Arquivos de programas\Avira\AntiVir Desktop\avscan.exe"  /PATH="C:\Downloads\%1"

O AntiVir Scanner usa a configuração definida no AntiVir, em Configuração - Verificador. Assim, se a opção Verificar setores de inicialização principais estiver ativada, esses setores serão verificados sempre que avscan.exe for iniciado.

Caso você não queira usar essa opção devido à demora, há uma solução alternativa para verificar somente os arquivos selecionados.

1. Baixe este arquivo de perfil (clique com o botão direito do mouse no link e selecione Salvar link como): filescan.avp
2. Salve o arquivo no disco rígido, clique nele com o botão direito do mouse e selecione Propriedades. Ative a opção Somente leitura e pressione OK.
3. Agora aplique esse perfil ao parâmetro /CFG. Por exemplo, para usar o AntiVir com o WinRAR, use os seguintes parâmetros:
   Nome do verificador: "%PROGRAMFILES%\Avira\AntiVir ...\avscan.exe"
   Parâmetro do verificador: /CFG="C:\filescan.avp" /PATH="%f"

Você também pode usar o Verificador de linha de comando do Avira AntiVir (AVCLS), que tem possibilidades de configuração detalhada. Ele pode ser baixado no site da Avira, em Suporte - Downloads. Leia o guia de instalação e a descrição dos parâmetros no arquivo de texto baixado.